Анализатор геномный GS FLX предназначен для высокопроизводительного определения нуклеотидных последовательностей ДНК методом пиросеквенирования, для проведения исследований в области нанобиотехнологий, молекулярной биологии и медицины.
Описание
В основе работы анализатора геномного GS FLX лежит технология, базирующаяся на методе пиросеквенирования. Пиросеквенирование основано на определении пирофосфата, образующегося при синтезе ДНК. Во время работы анализатора геномного GS FLX нуклеотиды проходят последовательно в определенном порядке через миллион микроскопических лунок проточного планшета PicoTiterPlate™, в которых находятся частицы с иммобилизованными на них копиями одноцепочечных фрагментов ДНК из библиотеки фрагментов образца ДНК. При прохождении нуклеотидов происходит одновременное параллельное секвенирование уникальных одноцепочечных ДНК на каждой частице, в каждой лунке планшета. Если через лунку проходит нуклеотид, комплементарный матрице, полимераза удлиняет цепь, встраивая этот нуклеотид. Добавление нуклеотида приводит к высвобождению пирофосфата и далее к реакции, в результате которой генерируется световой сигнал, регистрируемый CCD-камерой прибора. Интенсивность сигнала пропорциональна количеству нуклеотидов, встроенных в цепь ДНК во время одного прохода нуклеотидов.
Рисунок 1. Общий вид анализатора геномного GS FLX.
Анализатор геномный GS FLX состоит из следующих блоков: Анализатор геномный GS FLX (базовый блок)
Управляющий компьютер с операционной системой Linux
Пакет программ (Genome Sequencer FLX Instrument Software), включающий программы GS Sequencer и GS Run Processor.
Устройство для нанесения частиц на пикотитровальную пластину (Bead Deposition Device, для пластины размером 70х75 мм, 2 больших региона)
Устройство для нанесения частиц на пикотитровальную пластину (Bead Deposition Device, для пластины размером 70х75 мм, 4 средних региона)
Устройство для нанесения частиц на пикотитровальную пластину (Bead Deposition Device, для пластины размером 70х75 мм, 8 средних/малых регионов)
Устройство для нанесения частиц на пикотитровальную пластину (Bead Deposition Device, для пластины размером 70х75 мм, 16 малых регионов)
Противовес устройств для нанесения частиц на пикотитровальную пластину (Counterweight for Bead Deposition Devices)
Контейнер для реактивов (GS FLX Reagents Cassette)
Защиты лицевой панели камеры (Camera Faceplate Guard)
В состав анализатора геномного GS FLX входит специализированное программное обеспечение, идентификационные данные которого приведены ниже.
Наименование программного обеспечения
Идентификационное наименование про
граммного обеспечения
№вер сии
ПО
Цифровой идентификатор про
граммного обеспечения (контрольная сумма)
Алгоритм вычисления идентификатора ПО
Genome Sequencer FLX Instrument Software, включающий программы GS Sequencer и GS Run Processor.
ipcManager dataManager imageProcManager instrumentManagerAM runDataMatrix imageWrite gsRunBrowser getCalibrationT able sendCalibrationT able flashCalibrationT able gsRUnProcessor
Уровень защиты программного обеспечения от непреднамеренных и преднамеренных изменений в соответствии с МИ 3286-2010 соответствует уровню «С». Блок управления анализатора геномного защищен от несанкционированного доступа за счет опломбирования крышек их корпусов.
Технические характеристики
Наименование
Значение
Точность определения нуклеотидной последовательности
Кол-во чтений стандартного образца, не содержащих ошибок: >75%
Кол-во чтений стандартного образца, содержащий 3 и более ошибок: <5%
Доля ошибочно прочтенных нуклеотидов при чтении стандартного образца: не более 2%
Точность определения нуклеотидной последовательности участка ДНК, представляющего собой повтор из более, чем двух одинаковых нуклеотидов
Средняя доля прочтений участка из трех одинаковых нуклеотидов подряд, в которых он прочтен без ошибок: > 93%, Средняя доля прочтений участка из четырех одинаковых нуклеотидов подряд, в которых он прочтен без ошибок: > 85%, Средняя доля прочтений участка из пяти одинаковых нуклеотидов подряд, в которых он прочтен без ошибок: > 75%.
Длина прочтения индивидуальной реакции
>50% чтений индивидуальных реакций имеют длину более 350 нуклеотидов
